Francesi e periodo pre napoleonico
Nel marzo del 1799 vengono inviate da Livorno truppe francesi per occupare Portoferraio. I cittadini inizialmente si mostrano ostili agli occupanti, ma potendo contare sul consenso del Governatore e dei simpatizzanti giacobini, la resistenza è presto vinta. Gli uomini del presidio rimasti fedeli al granduca vengono fatti imbarcare a forza per il continente, mentre il governatore e la frangia giacobina sfoggiano coccarde e fasce tricolori. Viene organizzata una compagnia civica di patrioti a carattere coscrittivo, il primo di aprile si innalza l'albero della Libertà in Piazza d'Arme (odierna Piazza della Repubblica). Al governo provvisorio della Repubblica succede un delegato ufficiale, si tratta di Luigi Lambardi, già console della Francia a Portoferraio, incaricato di organizzare la municipalità conformemente alle leggi francesi. Sia l'amministrazione che i giacobini si sentono isolati e la Guardia Nazionale stenta a comporsi per mancanza di volontari, con la minaccia di considerare ribelli i recalcitranti finalmente si arriva alla formazione di quattro compagnie a spese delle casse comunali.
I cittadini sono esasperati dal cattivo comportamento delle
truppe francesi che costringe la municipalità a permettere al
tribunale ordinario di giudicare e punire i militari. Sul resto
dell'isola le poche forze francesi incontrano un'inaspettata
resistenza, dopo l'agguato di Capoliveri il generale
Miollis, comandante in capo delle truppe attestate in
Toscana, sbarca all'Elba per sedare la rivolta e ordina il
saccheggio del paese. Fallisce il tentativo di assediare Longone,
presidiato dalle truppe napoletane e rifornito via mare dagli
inglesi, che ostacolano anche l'arrivo dei rifornimenti a
Portoferraio. Le truppe longonesi a cui si sono uniti forzati e
rivoltosi elbani, ricacciano i francesi fin sotto le mura di
Portoferraio, devastando le campagne circostanti. Dopo la rivolta
di Marciana, appare chiaro che i francesi non hanno forze
sufficienti per occupare l'isola, Monserrat
comandante del presidio di Portoferraio è costretto alla resa,
che viene firmata nella chiesa di San Rocco nel
luglio del 1799. Portoferraio viene occupata per breve tempo
dalle truppe napoletane in attesa di ritornare sotto
l'amministrazione granducale.
Dopo la vittoria di Napoleone sulla seconda
coalizione i francesi tornano in Toscana e ottengono il possesso
dell'intero territorio elbano. Il valore strategico dell'Elba e
il costante pericolo che fosse occupata dagli inglesi rendevano
il possesso dell'isola e delle sue miniere più che mai importante
per il governo francese. Mentre i comandanti dei presidi elbani
si accordano per opporsi un nuovo tentativo di occupazione,
arriva a Longone l'ordine del Re di
Napoli di cedere pacificamente la
piazza. Fixon, comandante di Portoferraio,
secondo gli ordini del granduca ritiratosi a Vienna, decide di
resistere, si aprono le ostilità e nel maggio del 1801, truppe
francesi provenienti dalla Corsica sbarcano a Longone, per poi
dirigersi verso Portoferraio. Dai parlamentari francesi venne
posta una richiesta di resa che viene respinta ed ha così inizio
il cannoneggiamento da parte della squadra navale francese e da
una batteria istallata alle Grotte su Portoferraio.
Fallisce un primo attacco via terra e inutilmente vengono inviati altri parlamentari francesi, Fixon propone una momentanea tregua per poter ricevere ordini da Vienna, anche se in realtà vuole temporeggiare per chiedere aiuto agli inglesi. Varie sortite fortunate causano molti danni alle batterie dei francesi, le cui truppe scarseggiano di viveri e munizioni e soffrono di febbri malariche, causate dalle vicinanza dei terreni paludosi delle saline. In seguito alle richieste giunsero a Portoferraio i rinforzi inglesi e Fixon sostenuto da tutti i cittadini riesce a resiste ad oltranza. Persino la pace di Amiens siglata tra Francia e Inghilterra, avvenuta al settimo mese di assedio, venne ignorata e ci vollero ancora sei mesi perché il governatore si decidesse a cedere la piazza di Portoferraio ai francesi, dopo averne ricevuto espressa autorizzazione dal granduca Ferdinando III e solo nel giugno del 1802 la guarnigione francese poté entrare a Portoferraio.
Annessa alla Francia, l'Elba farà parte della 23a divisione militare per poi passare alla 25a. Il 14 luglio 1802 gli elbani, rappresentati dalle deputazioni comunali, prestarono giuramento alla repubblica francese e l'Elba fu in grado di mandare un rappresentante a Parigi. Il 3 settembre 1802 una delegazione elbana si recò da Napoleone per ottenere l'esenzione dal pagamento dei diritti doganali, soprattutto quelli riguardanti il vino. Ringraziarono il Primo Console per "il singolare beneficio che egli aveva reso al loro paese, ritenendolo un territorio della Francia". Napoleone naturalmente pur accogliendo benignamente la delegazione elbana non nascose "il suo malcontento verso i Portoferraiesi, i quali anziché prendere parte ostile contro la Potente e Vittoriosa Nazione Francese, dovevano piuttosto mantenersi in quella neutralità che loro conveniva.
Briot, fu nominato un Commissario Generale per l'Elba, Capraia, Pianosa e la piccola isola di Palmaiola e Montecristo. Per quanto era possibile le leggi francesi furono modificate secondo le usanze locali e i porti furono esentati dal diritto di dogana. Il comandante militare Rusca, di origine piemontese, si guadagna la stima degli elbani così come in seguito il commissario corso Galeazzini a cui si deve la costruzione di ponti e strade sull'isola d'Elba e anche le comunicazioni col continente furono incrementate così come i servizi postali resi più efficienti.
I francesi pensarono anche di realizzare un grande sistema di estrazione e lavorazione del ferro articolato in centri situati sulle sponde del Mediterraneo, che però non potrà essere attuato. Nel 1804 si svolsero regolarmente le operazioni di voto per la proclamazione di Napoleone imperatore dei francesi, su 4587 votanti, 4487 furono favorevoli. Nel 1809 l'Elba diventa una sotto prefettura e viene unita al Dipartimento del Mediterraneo, sull'isola vengono applicati i sistemi di giustizia francesi e il codice napoleonico, la scuola primaria è a carico della municipalità, mentre l'insegnamento secondario può essere tenuto anche da privati, il clero dipende dalla diocesi d'Ajaccio e i sacerdoti possono continuare ad insegnare uniformando i programmi all'insegnamento pubblico. Ogni anno dieci giovani scelti fra i più meritevoli oppure figli di funzionari pubblici, vengono inviati a studiare nei licei francesi.
A Portoferraio la dominazione francese significò anche la ripresa dei lavori alle fortificazioni secondo criteri più moderni che prevedevano una cintura difensiva costituita dal forte Saint Cloud, all'imboccatura del porto, dal forte Saint Hilaire (forte inglese) dal piccolo forte su Monte Albero. Tra i militari francesi va ricordato il generale Leopold Hugo, padre del celebre scrittore Victor che soggiornò a Portoferraio da bambino in una casa in via del Buongusto, oggi via Garibaldi.
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