Die Französischen und die Pre-napoleonischen Zeit
Im März 1799 werden von Livorno französische Truppen zur Besatzung Portoferraios gesendet. Zunächst zeigen sich die Bürger den Besatzern gegenüber feindlich gesinnt, aber unter Berufung auf die Zustimmung des Gouverneurs und Jakobinersympathisanten, ist der Widerstand bald gebrochen. Die Männer der Garnison, die dem Großherzog treu ergeben geblieben waren werden auf das Festland zwangsverschifft, während der Gouverneur und jakobinische Splittergruppe Kokarden und Schärpen in den italienischen Nationalfarben zur Schau stellen.
Es wird eine aus Patrioten bestehende Bürgerwehr mit Wehrdienstcharakter ins Leben gerufen, am 1. April stellte man den Baum der Freiheit auf der Piazza d'Arme auf (die heutige Piazza della Repubblica). Die provisorische Regierung der Republik übernimmt ein offizieller Abgesandter, bei dem es sich um Luigi Lambardi handelt, der in Portoferraio bereits Konsul Frankreichs ist und nun zuständig für die Verwaltung der Gemeinde nach französischem Recht. Sowohl die Verwaltung als auch die Jakobiner fühlen sich isoliert und die Nationalgarde ist aus Mangel an Freiwilligen und aufgrund der Bedrohung dazu gezwungen, auf die Rebellen zurückzugreifen, und so schaffen die Widerständler es endlich, auf Kosten der kommunalen Kassen vier Kompanien zusammenzustellen.
Die Bürger sind vom unfairen Verhalten der französischen Truppen, die die Gemeinde zwingt, bei Gericht die militärische Gesetz- und Strafordnung zuzulassen. Auf der restlichen Insel stoßen die wenigen französischen Kräfte auf unerwarteten Widerstand. Nach dem Anschlag auf Capoliveri erreicht General Miollis, Chefkommandeur der in der Toskana stationierten Truppen, nach Elba, um die Revolte niederzuschlagen und ordnet die Plünderung des Landes an. Der Versuch, das durch neapolitanische Truppen geschützte und über den Seeweg durch die Engländer, die auch die Ankunft der Versorgung in Portoferraio behinderten, neu versorgte Longone zu belagern, scheitert. Die Truppen aus Longone, denen sich Kräfte und Widerständler aus Elba angeschlossen hatten, drängen die Franzosen bis hinter die Stadtmauer Portoferraios zurück. Dabei hinterließen sie eine Spur der Verwüstung in der Umgebung. Nach den Widerstandskämpfen von Marciana, wird den Franzosen klar, dass sie nicht genügend Streitkräfte haben, um die Insel einzunehmen. Monserrat, Kommandant des Bezirks Portoferraio ist zur Aufgabe gezwungen, die in der Kirche San Rocco im Juli 1799 amtlich gemacht wird. Portoferraio wird während der Wartezeit auf die Wiedereinsetzung der großherzoglichen Verwaltung kurz von neapolitanischen Truppen besetzt.
Nach dem Sieg Napoleons über die zweite Koalition, kehren die Franzosen in die Toskana zurück und erhalten das Besitzrecht des inländischen Gebietes Elbas. Der strategische Wert Elbas und die ständige Gefahr, dass sie von den Engländern besetzt werden könnte, machten den Besitz der Insel und ihrer Minen zur wichtigsten Anliegen der französischen Regierung. Während die Bezirkskommandanten auf Elba sich darauf einigen, sich gegen einen Besatzungsversuch zu wehren, erreicht Longone der Befehl des Königs von Neapel, das Feld friedlich zu überlassen. Fixon, Kommandant von Portoferraio, entscheidet sich, sich dem Geheiß des Großherzogs sich nach Wien zurückzuziehen zu widersetzen und so beginnt die Feindschaft und im Mai 1801 landen französische Truppen, vorrangig aus Korsika, in Longone, um sich dann auf den Weg nach Portoferraio zu machen. Die französischen Parlamentarier schicken eine Aufforderung zur Kapitulation, die abgelehnt wird und somit die Bombardierung vonseiten der französischen Seegeschwader und einer in den Grotten von Portoferraio aufgestellten Kompanie eröffnet.
Ein erster Angriff an Land scheitert und unnötigerweise werden weitere französische Abgeordnete geschickt. Fixon schlägt ihnen eine vorübergehende Waffenruhe vor, um weitere Anordnungen aus Wien erhalten zu können, auch wenn er tatsächlich nur Zeit gewinnen wollte, um die Engländer um Hilfe zu bitten. Mehrere Glückstreffer sorgen für schwere Schäden bei den französischen Einheiten, deren Truppen es an Nahrung und Munition fehlt, und die unter Malaria leiden, die durch die nahen Sumpfgebiete der Salzebnen verursacht wurde. Nach der Bitte um Verstärkung, landeten in Portoferraio englische Streitkräfte und Fixon, unterstützt von allen Bürgern, schaffte es bis zum bitteren Ende durchzuhalten. Der Friedensbeschluss von Amiens, den Frankreich und England nach siebenmonatiger Belagerung besiegelt hatten, wurde ignoriert und es dauerte weitere sechs Monate bis der Gouverneur sich, nachdem er vom Großherzog Ferdinando III. dessen ausdrückliche Zustimmung erhalten hatte, entschloss, die Piazza von Portoferraio den Franzosen zu überlassen und erst im Juni 1802 konnten die Franzosen Portoferraio betreten.
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